Для анализа на коронавирус часто используются наборы для так называемых ОТ-ПЦ в реальном времени — более быстрая и автоматизированная версия, позволяющая определить количество новых копий после каждого цикла. ПЦР-тесты на коронавирус длятся в среднем от 40 минут до 2-3 часов. В качестве участка для распознавания они используют ген N, ген E и другие фрагменты вирусного генома (обычно это несколько участков, чтобы снизить вероятность ошибок).

Лже- и лже-

Для проведения ПЦ может послужить разный биологический материал, который относительно легко собрать: мазок из носоглотки, горла или слюна или мокрота. Считается, что слюну собирать проще всего: плюнуть в пробирку человек может и без участия врачей и лаборантов, что делает их работу безопаснее. Для самих пациентов, в том числе людей на карантине, этот подход может быть более удобным. Однако у ученых есть сомнения, что в слюне концентрация частиц коронавируса будет достаточной для анализа (хотя есть и данные в пользу того, что тесты со слюной даже точнее). Но в течение болезни их концентрация в носоглотке и горле тоже меняется. После первой недели вирус в основном переходит в легкие и уже не так интенсивно будет размножаться там, откуда обычно берут образцы.

Из-за этого у взятого в первые дни появления симптомов анализа точность такого теста будет выше 94%, так как количество вирусных частиц, как мы помним из графика, будет высоким (10⁵ — 10⁶ на миллилитр), и даже не самые высокочувствительные системы для анализа смогут их обнаружить. Более того, и при бессимптомном течении болезни вирусных частиц будет достаточно много для обнаружения. Но уже к десятому дню точность резко падает: вероятность ложноотрицательного диагноза достигает 33%! Неудивительно, что перед выпуском из карантина больных проверяют три-четыре раза.

Помимо ПЦ в реальном времени, есть и более срочные варианты, например, на основе петлевой изотермальной амплификации (LAMP). Как можно понять из названия, он тоже основан на размножении копий нужных фрагментов. Но если в классических версиях ПЦ нужна строго определенная температура для каждого этапа этого копирования (и весь процесс проходит в специальном приборе — термоциклере), при экспресс-тестах все проходит при одной температуре, что и сокращает время.

Также различают такие понятия, как чувствительность и специфичность тестов. Первое означает, что анализ четко показывает наличие вируса. Так, чувствительность в 90% будет означать, что 10% инфекций не будет обнаружено (ложоотрицательный результат). Специфичность же подразумевает, что тест избирателен и не спутает искомый фрагмент вируса ни с чем другим. Эти случаи станут ложноположительными результатами. Низкоспецифичные тесты будут иметь низкую положительно прогностическую значимость, особенно если в популяции мало больных. Так, если заболевших будет всего 5%, то протестировав 100 человек с ошибкой в 5%, мы получим 5 действительно больных и 5 ложноположительных результатов и среди наших 10 диагнозов лишь половина будет верна.

Опираясь на эти знания, можно сказать, что для людей без симптомов будет лучше использовать наборы с высокой чувствительностью, тогда как при наличии симптомов количество вирусных частиц обычно выше, и засечь их могут даже менее чувствительные методы.

Самым чувствительным считается ПЦ в реальном времени. Однако его почти безупречные результаты в лабораторных условиях увы, не согласуются с точностью в реальных клиниках, которая падает до 88 или даже 66%.

А что у нас?

В России еще в апреле стали доступны восемь вариантов ПЦР-тестов, прошедших ускоренную регистрацию. Это изменило ситуацию с монополией ГНЦ «Вектор», поначалу поставлявшего наборы с невысокой чувствительностью (10⁵ молекул на миллилитр) и требующие для обратной транскрипции дополнительных реагентов. Новые наборы стали более чувствительными (от 500 до 10000 молекул на миллилитр в образце), в них есть внутренний контрольный образец (молекула, которая помогает обнаружить, что реакция прошла не так при ошибке лаборанта). Лидерами рынка с самым масштабным производством (кроме ГНЦ «Вектор») стали ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, «Вектор-Бест» (не путать с ГНЦ «Вектор) и «ДНК-Технологии». Очень высокая заявленная точность также и у теста от Центра стратегического планирования Минздрава.

Частные компании «Гемотест» и «Хеликс» используют анализ от «Вектора». Инвитро делает более точные тесты с «Вектор-Бест», но попасть к ним на анализ просто так нельзя: они принимают только образцы в контейнерах от государственных клиник. LabQuest предлагает тесты «ДНК-технологии», «Литеха» и экспресс-тест от «Генериума», а тест ЦНИИ Эпидемиологии делают в компании CMD, выезжающей на дом с курьером. Лаборатории, одобренные Роспотребнадзором, можно найти здесь.

Проблема с российскими тестами состоит в том, что мы не располагаем независимыми данными по их сравнительной проверке. Так что приходится доверять лишь их заявленной чувствительности, держа в уме, что в целом есть риск ложноотрицательных результатов из-за несовершенства доступных нам методов, которые лучше всего выявляют коронавирус в первые дни проявления симптомов. А поскольку сдать анализ по своему желанию в поликлинику не так-то просто и быстро, а услуги частных компаний недешевые, то можно понять, почему раннее тестирование — это идеал, но не всегда достижимый. Вариант с получением биоматериала прямо из легких не назовешь удобным и легко масштабируемым (хотя в некоторых тестах используется мокрота, что уже точнее, чем слюна).

К счастью, как мы уже упоминали, есть и другие тесты и диагностические методы, которые помогут обнаружить не вирусные частицы, а различные проявления болезни. Для этого делаются, например, анализы на антитела и компьютерная томография, о которой мы поговорим во второй части статьи.

Продолжение следует

Понравился материал? Добавьте Indicator.Ru в «Мои источники» Яндекс.Новостей и читайте нас чаще.

Подписывайтесь на Indicator.Ru в соцсетях: Facebook, ВКонтакте, Twitter, Telegram, Одноклассники.