В настоящее время микробиом человека является одной из самых волнующих тем в области здравоохранения. Научная литература растет, и каждый день появляется новое исследование (или десять). Хорошо, что к кишечным бактериям относятся серьезно и что мы делаем успехи в их понимании. Но есть и обратная сторона этого всплеска интереса: проникло много неправильных представлений.

«Область кишечного микробиома превратилась из очень нишевой предметной области в одну из самых горячих тем во всей науке. Однако есть небольшой недостаток в том, что она вызвала много шумихи и соблазн чрезмерно упростить действительно сложные микробные взаимодействия и действия, происходящие в нашем кишечнике», — говорит микробиолог Алан Уокер.

Уокер и Лесли Хойлз работали над микробиомом кишечника более двадцати лет. Это было захватывающее путешествие, говорит Уокер, но важно убедиться, что эти мифы не укоренились. Итак, в Перспектива микробиологии природы часть, два исследователя обратились к тому, что они считают наиболее распространенными мифами о человеческом микробиоме.

Микробиом относится к коллективной группе микроорганизмов, включая бактерии, грибы и вирусы, которые обитают в определенной среде. Когда речь идет о людях, этот термин обычно относится к микроорганизмам, обитающим в определенной части тела или на ней, например, в пищеварительной системе. Эти сообщества микроорганизмов были связаны с рядом процессов, начиная от функции памяти и заканчивая иммунитетом. Но вокруг этой темы также ходит много заблуждений.

«Я думаю, очень важно отметить, что многие исследования микробиома превосходны! Однако количество исследований микробиома человека, проводимых во всем мире, резко возросло за последнее десятилетие или два, поэтому сам объем статей, вероятно, будет фактор заблуждений», — добавляет Уокер.

Несколько лет назад ежемесячно проводилось одно или два исследования микробиома человека. Сейчас их около тысячи. Ни у кого нет времени читать их все, не говоря уже о том, чтобы проверять все, что происходит. Вот почему Уокер и Хойлс сосредоточились на том, что они считают наиболее распространенными мифами. Два исследователя призывают к большей точности и нюансам при обсуждении микробиома.

«Профессор Хойлс и я оба заметили, что некоторые утверждения, которые, как нам было известно, не соответствуют действительности, повторялись снова и снова в научной литературе и в общих средствах массовой информации. Это может легко произойти, когда авторы предполагают, что предыдущие люди, написавшие это, были правы. , и поэтому «факт» повторяется снова и снова по цепочке без проверки первоисточника».

Без лишних слов, вот самые важные мифы, выявленные учеными, и их последующее развенчание.

1. Численность микробиоты превышает численность клеток человека в 10:1.

Это то, что многие ученые некритически повторяли в прошлом. Все, кажется, сводится к расчету «обратной стороны конверта» в 1970-х годах. Более подробный анализ показывает, что истинная цифра, хотя и все еще впечатляющая, вероятно, ближе к соотношению 1:1. Конечно, это может сильно варьироваться от человека к человеку.

2. Исследование микробиома — новая область

Темпы исследований в этой области резко ускорились за последние 15 лет, но это не новая область. На самом деле, называть это новой областью — значит оказывать медвежью услугу превосходным исследователям, которые ранее работали над микробиомом. Мы должны ценить работу этих пионеров и не игнорировать более ранние дни исследований.

3. Джошуа Ледерберг ввел термин «микробиом».

Джошуа Ледерберг — лауреат Нобелевской премии, сделавший блестящую карьеру. Но, несмотря на его многочисленные достижения, он не является изобретателем термина «микробиом». Хотя это относительно безобидный и несущественный миф, он показывает, как легко может распространяться ложь, потому что этот миф поддерживают и некоторые ученые.

4. На грамм фекалий человека приходится 1012 бактериальных клеток.

Эта цифра часто упоминается в исследованиях и научно-популярных статьях, но даже источник этого утверждения трудно понять. Реальная цифра, рассчитанная современными методами, ближе к 1010. Это может показаться не большой разницей (ведь есть еще много ячеек), это ошибка в 100 раз.

5. Человеческая микробиота весит от 1 до 2 кг.

Опять же, первоисточник трудно определить. Здесь тоже много различий от человека к человеку. Однако реальная цифра вряд ли превысит один килограмм. Большая часть микробиоты человека обитает в толстой кишке, и эти микроорганизмы обычно составляют менее половины веса твердых фекалий. Поскольку экскременты обычно весят менее 500 г, это утверждение вряд ли соответствует действительности.

6. Микробиота наследуется от матери при рождении

Часть микробиоты человека действительно передается непосредственно от матери. Однако большая часть расширения микробиоты происходит позже. На самом деле, она увеличивается наиболее резко после отлучения от груди. Этот процесс до конца не изучен, но ваша мать определенно не единственная, кто несет ответственность за ваш микробиом.

7. Для большинства заболеваний характерен патобиом

Исследователи объясняют, что патобиом в общих чертах определяется как «вредные взаимодействия между микробными сообществами и их хозяином, которые приводят к заболеванию». Но термин остается расплывчатым, несовершенным и малопригодным для клинической практики. Хотя это может играть роль в некоторых случаях, это очень зависит от контекста. В целом, нет четких доказательств того, что характерный патобиом играет роль в «большинстве» заболеваний.

«К сожалению, нюансы обычно очень важны при обсуждении микробиома, и нам еще многое предстоит узнать. Упрощенные утверждения часто не имеют доказательной базы в поддержку их использования», — отмечает Уокер.

8. Кишечные бактерии способствуют ожирению

Микробиом связан с рядом важных условий, но многие исследования, которые утверждают это, довольно неосновательны и их трудно воспроизвести. Фактически, различные исследования, касающиеся ожирения и микробиома человека, часто дают разные результаты, а три метаанализа (исследования исследований) обнаружили противоречивые результаты в отношении кишечной флоры человека и ожирения.

9. Микробиом кишечника функционально избыточен

Этот миф во многом нацелен на исследователей. Несколько исследований показали, что, несмотря на разнообразие видов микробов, присутствующих в кишечнике человека, многие из этих видов выполняют схожие функции. Однако оба автора утверждают, что это утверждение частично вводит в заблуждение или слишком упрощено из-за методологических ограничений.

10. Последовательность беспристрастна

Анализ последовательности — это процесс обработки последовательности ДНК, РНК или пептида любым из широкого спектра аналитических методов. Это делается для того, чтобы понять его особенности, функцию, структуру или эволюцию. Анализ последовательности преобразил изучение микробиома кишечника. Но каким бы мощным ни был этот подход, он не лишен собственных потенциальных предубеждений, и об этом важно знать.

11. Большая часть микробиоты человека «не культивируется».

Это еще один распространенный миф в исследованиях. Фактически, большое количество бактериального и архейного компонентов нашей микробиоты уже
были культивированы, хотя вирусы и грибки по-прежнему недостаточно представлены. Хотя это требует времени и ресурсов, доступ к культивируемым видам бактерий имеет определенные преимущества для исследований.

12. Нам нужны стандартизированные методологии

Поскольку существует так много предубеждений, возможно, невозможно по-настоящему стандартизировать все исследования микробиома. Если все используют одни и те же методы с одинаковыми предубеждениями, все они упускают одни и те же вещи. Поэтому предпочтительнее использовать разные методы в зависимости от контекста и цели исследования.

«Правда в том, что «лучший» метод принципиально зависит от базовой структуры микробного сообщества в данном образце, и она может сильно различаться между людьми и участками тела», — утверждают исследователи в своей опубликованной точке зрения. «По этим причинам мы, как и другие, утверждаем, что оптимизация и проверка результатов на основе последовательностей с помощью дополнительных подходов предпочтительнее, чем просить всех использовать один и тот же метод».

Хотя работа исследователей в основном нацелена на других ученых, некоторые из этих заблуждений также проникают и достигают населения в целом. Фактически, некоторые из них появляются как в опубликованной научной литературе, так и в средствах массовой информации.

Но, пожалуй, самое главное, подчеркивает Уокер, это то, насколько отличается микробиота одного человека от других. Вот почему трудно воспроизвести исследования и почему исследования иногда содержат противоречивую информацию.

«Одна из самых сложных проблем, связанных с исследованиями микробиома человека, заключается в том, что типы микробов, которые живут на людях и внутри них, сильно различаются у разных людей. у разных групп людей. Поэтому комментарии о сложности связывания конкретных микробов со здоровьем / болезнью и растущее признание технологических ограничений методологий, используемых в настоящее время для изучения микробиомов, вероятно, являются наиболее важными для этой области».

Исследователь также упоминает, что по мере поступления новых данных их, возможно, придется пересматривать.

«Однако, с современными знаниями, мы уверены, что выбрали примеры с убедительной доказательной базой, чтобы предположить, что они ошибочны», — заключает Уокер.