Яков Гусев — сын священника из села Дивеево Ардатовского уезда Нижегородской губернии. Старший брат священномученика Михаила Гусева. Жизнь семьи Гусевых была давно и прочно связана с Серафимо-Дивеевским монастырем. Гусевы приходились родственниками первому священнику обители протоиерею Василию Садовскому, которому сам преподобный Серафим Саровский препоручил «дивеевских сирот».
В 1910 году, 23 лет, окончил Нижегородскую духовную семинарию. Женился, в семье родилось трое детей. 30 января 1911 года рукоположен во священника епископом Нижегородским и Арзамасским священномучеником Иоакимом (Левицким), определен к церкви села Худошина Ардатовского уезда. Преподавал в худошинской и кадышевской земских школах Закон Божий.
30 мая 1914 года назначен священником к Никольской церкви села Елизарьева Ардатовского уезда. Был законоучителем земской школы этого же села.
В селе семью священника сразу же полюбили — супружеская чета и их чада отличались особенной добротой и скромностью, радушием и гостеприимством. Сам батюшка был общителен и доступен для своих прихожан. Службу отец Иаков вел благоговейно, молитвенно, на исповедях был внимателен. Любили елизарьевцы и батюшкины проповеди. Они бывали немногословны, но доходили до сердца каждого стоящего в храме. Батюшка говорил тихим голосом, простыми словами объяснял заповеди Божии, призывал соблюдать их, заблудших и нерадивых увещевал не лениться в трудах для своих семей и за все благодарить Господа.
Советская власть установилась в Елизарьеве в феврале 1918 года. Тогда же батюшка, как служитель религиозного культа, был лишен избирательных прав. Лишение избирательных прав влекло за собой целый ряд узаконенных, и еще больший — незаконных притеснений не только по отношению к лишенцам, но и ко всем членам их семей: их могли выселить из квартиры, выслать из города, лишить продовольственных карточек, медицинской помощи, исключить детей из школы.
В 1927 году при ликвидации Серафимо-Дивеевского монастыря был арестован его брат Михаил. После его освобождения семья брата жила у о. Иакова, некоторое время у него же проживали дивеевские сестры, затем о. Иаков нашел им квартиру и помогал материально. По благословению братьев Гусевых из села Пузово перевезли дивеевскую блаженную Марию Ивановну, которая приехала на возу под красным ватным одеялом.
О. Иаков постоянно терпел притеснения со стороны властей. Его обвиняли в противодействии установке радио в селе, в «антисоветской агитации среди отсталой части населения» и в организации развала колхоза.
В 1930 году он был арестован и заключен в тюрьму города Горького. Дом был конфискован.
В 1931 году был вновь арестован и «раскулачен».
В 1935 году, когда власти хотели закрыть церковь, прихожане стали собирать подписи против закрытия храма. Священник был арестован по обвинению в организации среди колхозников подписки «за неотдачу церкви под зернохранилище», но вскоре отпущен. Тогда он не был осужден, но 2 года спустя показания свидетелей и протоколы его допросов были приобщены к уголовному делу 1937 года.
20 ноября 1937 года арестован в храме по обвинению в «антисоветской деятельности»; заключен в тюрьму города Арзамаса Горьковской обл. Виновным себя не признал, на допросах держался достойно и мужественно.
2 декабря 1937 году приговорен к расстрелу Особой тройкой УНКВД по Горьковской обл.
Расстрелян 26 декабря 1937 года в Горьком, погребен в безвестной могиле.